Pada umumnya, Surat Pemberitahuan (SPT) yang menyatakan lebih bayar bisa menjadi dasar bagi Direktorat Jenderal Pajak (DJP) untuk melakukan pemeriksaan, tetapi SPT lebih bayar bukan menjadi satu-satunya kriteria untuk dilakukan pemeriksaan oleh DJP. Kriteria lainnya yaitu Surat Pemberitahuan (SPT) yang menyatakan rugi.

Surat Pemberitahuan (SPT) badan yang menyatakan rugi bisa menjadi alasan bagi Direktorat Jenderal Pajak untuk melakukan pemeriksaan untuk menguji kepatuhan pemenuhan kewajiban perpajakan. Kebijakan tersebut telah tercantum dalam Peraturan Menteri Keuangan (PMK) Nomor 17/2013 s.t.d.t.d PMK Nomor 18/2021 Pasal (4) yang berbunyi “Pemeriksaan untuk menguji kepatuhan pemenuhan kewajiban perpajakan dilakukan dalam hal memenuhi kriteria: wajib pajak menyampaikan SPT yang menyatakan rugi.”

            Mengacu pada  PMK Nomor 17/2013 s.t.d.t.d PMK Nomor 18/2021, pemeriksaan yang dilakukan terhadap wajib pajak yang SPT nya menyatakan rugi dapat dilakukan dengan pemeriksaan kantor atau dengan pemeriksaan lapangan.

Sebagaimana yang tercantum dalam PMK no 17/2013, pemeriksaan kantor merupakan pemeriksaan yang dilakukan di kantor Direktorat Jenderal Pajak. Sedangkan pemeriksaan lapangan merupakan pemeriksaan yang dilakukan di tempat tinggal atau tempat kedudukan Wajib Pajak, tempat kegiatan usaha atau pekerjaan bebas Wajib Pajak, dan/atau tempat lain yang dianggap perlu oleh pemeriksa pajak.

            Pemeriksaan kantor terkait dengan pemeriksaan dalam rangka menguji kepatuhan wajib pajak dilakukan dalam jangka waktu paling lama 4 bulan dihitung sejak tanggal wajib pajak memenuhi Surat Panggilan dalam Rangka Pemeriksaan Kantor sampai dengan tanggal Surat Pemberitahuan Hasil Pemeriksaan (SPHP) disampaikan kepada wajib pajak. Jangka waktu dapat diperpanjang maksimal selama 2 bulan.

Pemeriksaan lapangan untuk menguji kepatuhan dilakukan dalam jangka waktu paling lama 6 bulan, dihitung sejak Surat Pemberitahuan Pemeriksaan Lapangan disampaikan kepada wajib pajak sampai dengan tanggal SPHP disampaikan kepada Wajib Pajak. Sama halnya dengan pemeriksaan kantor, pemeriksaan lapangan ini juga dapat diperpanjang untuk jangka waktu paling lama 2 bulan.